| first line: shared orthologs (random expectation); second: number of synteny blocks (random expectation); color marks over-/under- representation of orthologs (p-value<1%) | rat chicken | 6 (920) | 7 (1261) | 14 (718) | 3 (1699) | 19 (570) | 12 (596) | 10 (1694) | 1 (2932) | 5 (1368) | 9 (791) | 8 (1135) | 17 (653) | 2 (1391) | 4 (1399) | X (925) | 11 (563) | 13 (660) | 15 (674) | 18 (560) | 20 (586) | 16 (597) | Un (288) |
| 5 (931) | 290 (26) 16 (2) | | | 128 (41) 12 (4) | | | | 163 (41) 22 (5) | | | | | | 2 (30) 1 (4) | | | | 29 (13) 3 (1) | | | | |
| 1 (2080) | 21 (58) 2 (5) | 291 (54) 12 (4) | | | 6 (31) 1 (4) | 28 (36) 5 (3) | | 51 (93) 7 (11) | | 45 (47) 4 (5) | 48 (60) 5 (7) | 11 (34) 3 (5) | 41 (77) 7 (8) | 260 (68) 32 (9) | 90 (27) 12 (5) | 177 (36) 17 (4) | 19 (38) 2 (3) | 129 (30) 11 (3) | | 21 (25) 2 (3) | 39 (35) 4 (5) | 6 (5) 2 (1) |
| 4 (1178) | | | 227 (23) 22 (2) | 9 (52) 2 (5) | 23 (17) 1 (2) | | | | | | | | 123 (43) 11 (4) | 36 (38) 5 (5) | 144 (15) 33 (2) | | | | | | 82 (20) 10 (2) | |
| 20 (361) | | | | 210 (16) 22 (1) | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| 11 (304) | | | | | 167 (4) 25 (0) | | | 30 (13) 1 (1) | | | | | | | | | | | | | | |
| 15 (374) | | | 29 (7) 3 (0) | | 5 (5) 1 (0) | 157 (6) 10 (0) | | | | | | | | | | 29 (6) 5 (0) | | | | 10 (4) 2 (0) | | |
| 19 (332) | | | | | | 48 (5) 6 (0) | 172 (13) 21 (1) | | | | | | | | | | | | | | | |
| 6 (549) | | | | | | | | 184 (24) 21 (3) | | | | | | 11 (17) 4 (2) | | | | 25 (8) 2 (0) | | 47 (6) 9 (0) | 41 (9) 7 (1) | 4 (1) 2 (0) |
| 21 (231) | | | | | | | | | 154 (9) 12 (0) | | | | | | | | | | | | | |
| 7 (561) | | | | 116 (24) 10 (2) | | | | | | 146 (12) 11 (1) | 2 (16) 1 (2) | | | 2 (18) 1 (2) | | 25 (9) 3 (1) | 27 (10) 2 (1) | | 3 (7) 1 (1) | 14 (6) 2 (0) | | 7 (1) 2 (0) |
| 10 (421) | | | | 35 (18) 7 (2) | | | | 80 (18) 9 (2) | | | 146 (12) 16 (1) | | | | | | | | | | | 2 (1) 1 (0) |
| 2 (1432) | 27 (40) 4 (3) | 110 (37) 8 (2) | 17 (28) 4 (3) | | 3 (21) 1 (3) | | 11 (59) 1 (8) | 14 (64) 4 (8) | 99 (55) 11 (5) | 28 (32) 6 (3) | 101 (41) 16 (5) | 169 (23) 22 (3) | 43 (53) 7 (5) | 127 (46) 12 (6) | | | 11 (26) 1 (2) | 11 (21) 1 (2) | 81 (18) 10 (3) | | 10 (24) 2 (3) | |
| Z (369) | | | 7 (7) 2 (0) | | | | | 33 (16) 7 (2) | 48 (14) 6 (1) | 5 (8) 1 (1) | | 3 (6) 1 (1) | 104 (13) 9 (1) | | | | | | | | 8 (6) 3 (0) | |
| 17 (313) | | | | 176 (13) 16 (1) | | | | | 21 (12) 2 (1) | | | | | | | | | | | | | |
| 14 (518) | | | 2 (10) 1 (1) | 35 (22) 6 (2) | | 68 (9) 5 (0) | 151 (21) 23 (2) | 39 (23) 6 (2) | | 3 (11) 1 (1) | | 7 (8) 1 (1) | | 12 (16) 2 (2) | | | 4 (9) 1 (0) | 3 (7) 1 (0) | 12 (6) 1 (1) | | | |
| 23 (212) | | | | | | | | | 123 (8) 18 (0) | | | | | | | | | | | | | |
| 8 (561) | 4 (15) 1 (1) | | 20 (11) 2 (1) | | 2 (8) 1 (1) | | | | 139 (21) 6 (2) | | | | 94 (20) 7 (2) | | | | 103 (10) 11 (1) | | | | | |
| 18 (217) | | | | | | | 116 (9) 16 (1) | | | | | | | | | | | | | | | 3 (0) 1 (0) |
| 24 (185) | | | | | | | | | | | 97 (5) 9 (0) | | | | | | | | | | | |
| 3 (1267) | 148 (35) 20 (3) | | 48 (25) 4 (2) | 58 (56) 6 (6) | 21 (19) 3 (2) | | | 135 (56) 8 (7) | 40 (49) 1 (5) | 77 (28) 11 (3) | 48 (36) 2 (4) | 4 (20) 2 (3) | | 2 (41) 1 (5) | | | 90 (23) 5 (2) | 31 (18) 4 (1) | | 81 (15) 5 (2) | 8 (21) 1 (3) | 2 (3) 1 (1) |
| 12 (369) | | | | | | | | | | | 34 (10) 9 (1) | 16 (6) 2 (1) | | 99 (12) 15 (1) | | | | 16 (5) 2 (0) | | | 37 (6) 3 (0) | |
| 13 (352) | | | | | | | 104 (14) 10 (2) | | | | | 34 (5) 6 (0) | | | | | | | 68 (4) 12 (0) | | | |
| 9 (463) | | | | | | | 2 (19) 1 (2) | | | 76 (10) 9 (1) | 28 (13) 7 (1) | | 91 (17) 7 (1) | | | 73 (8) 11 (0) | | | 9 (6) 1 (1) | 6 (5) 2 (0) | | |
| 27 (116) | | | | | | | 54 (4) 10 (0) | | | | | | | | | | | 2 (1) 1 (0) | | | | |
| 26 (185) | | | | | | | | | | 13 (4) 3 (0) | | | 39 (6) 2 (0) | | | | 43 (3) 3 (0) | | | 22 (2) 3 (0) | | |
| 28 (181) | | 34 (4) 7 (0) | | | | 7 (3) 2 (0) | | | 2 (7) 1 (0) | | | | | | | | | | 2 (2) 1 (0) | | 33 (3) 5 (0) | 13 (0) 4 (0) |
| 32 (60) | | | | | | | | | | | | | 4 (2) 1 (0) | | | | 22 (1) 4 (0) | | | 9 (0) 2 (0) | | |
| 22 (49) | | | | 6 (2) 1 (0) | | | | | | | | | | 9 (1) 1 (0) | | | | 17 (0) 2 (0) | | | | |
| W (45) | | | | | | | | | | | | | 20 (1) 2 (0) | | | | | | 6 (0) 1 (0) | | | |
| E26C13 (14) | | | | | | | | | | | | | 10 (0) 2 (0) | | | | | | | | | |
| 16 (22) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 3 (0) 1 (0) | | |
| Un (2870) | 7 (80) 3 (7) | 26 (74) 10 (5) | 2 (57) 1 (6) | 13 (127) 6 (14) | 8 (43) 4 (6) | | 29 (119) 10 (16) | 42 (129) 11 (16) | 23 (111) 7 (11) | 4 (64) 1 (7) | 3 (82) 1 (11) | 16 (47) 6 (7) | 42 (107) 14 (11) | 20 (93) 6 (12) | | 4 (49) 2 (6) | 12 (53) 4 (5) | | 29 (37) 7 (6) | | 44 (48) 8 (6) | 2 (6) 1 (2) |
| E22C19W28 (5) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| E50C23 (2) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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