| first line: shared orthologs (random expectation); second: number of synteny blocks (random expectation); color marks over-/under- representation of orthologs (p-value<1%) | mmouse chicken | 12 (852) | 2 (2058) | 19 (795) | X (1116) | 8 (1189) | 11 (1877) | 1 (1504) | 5 (1478) | 4 (1499) | 17 (1157) | 9 (1394) | 6 (1282) | 13 (1012) | 3 (1237) | 10 (1205) | 7 (2003) | 16 (811) | 15 (953) | 18 (628) | 14 (898) |
| 5 (931) | 282 (21) 15 (1) | 134 (46) 10 (5) | 21 (12) 6 (1) | | | | | | | | | | | | | 138 (22) 13 (2) | | | | 29 (18) 3 (2) |
| 20 (361) | | 213 (17) 19 (1) | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| 6 (549) | | | 150 (7) 15 (1) | | | | | | | | | 11 (15) 4 (2) | | | 55 (15) 7 (1) | 40 (13) 7 (1) | | | | 71 (10) 7 (1) |
| 4 (1178) | | 10 (58) 2 (6) | | 169 (16) 35 (3) | 109 (32) 16 (5) | | | 220 (45) 19 (4) | | | | 22 (33) 4 (4) | | 133 (31) 14 (3) | | | | | | |
| 11 (304) | | | | | 165 (8) 28 (1) | | | | | | | | | | | 26 (7) 1 (0) | | | | |
| 19 (332) | | | | | | 179 (14) 19 (1) | | 50 (12) 5 (1) | | | | | | | | | | | | |
| 7 (561) | | 123 (27) 11 (3) | | | | | 183 (20) 18 (2) | 2 (21) 1 (2) | | | 2 (18) 1 (2) | | | | 14 (15) 3 (1) | | 24 (11) 4 (1) | | 3 (8) 1 (1) | |
| 15 (374) | | | | | | 28 (16) 3 (1) | | 171 (14) 12 (1) | | | | | | | 11 (10) 2 (0) | | 35 (7) 5 (1) | | | |
| 21 (231) | | | | | | | | | 162 (8) 11 (0) | | | | | | | | | | | |
| 3 (1267) | 70 (29) 6 (2) | 57 (62) 6 (7) | | | 32 (34) 4 (5) | 49 (54) 6 (6) | 114 (46) 8 (4) | 22 (48) 6 (4) | 39 (47) 2 (5) | 171 (26) 25 (4) | 51 (41) 2 (5) | 2 (35) 1 (5) | 2 (25) 1 (4) | | 173 (34) 9 (3) | | | | | 33 (25) 6 (2) |
| 10 (421) | | 35 (20) 8 (2) | | | 2 (11) 1 (1) | | | | | | 150 (13) 14 (1) | | | | | 78 (10) 9 (1) | | | | |
| 1 (2080) | 21 (47) 2 (3) | 16 (102) 3 (11) | | 86 (29) 11 (5) | 42 (56) 5 (9) | | 58 (76) 4 (7) | 63 (80) 9 (8) | | 19 (44) 3 (7) | 52 (68) 5 (8) | 236 (58) 30 (8) | | 41 (56) 6 (6) | 171 (56) 9 (5) | 55 (50) 9 (6) | 179 (44) 17 (5) | 150 (40) 9 (4) | | 125 (41) 9 (4) |
| Z (369) | | | 34 (4) 6 (0) | | 6 (10) 3 (1) | | 7 (13) 1 (1) | 9 (14) 3 (1) | 45 (13) 9 (1) | 5 (7) 2 (1) | | | 94 (7) 16 (1) | | 4 (10) 1 (0) | | | 11 (7) 1 (0) | 2 (5) 1 (0) | |
| 9 (463) | | | | | | 4 (20) 2 (2) | 73 (17) 9 (1) | 2 (17) 1 (1) | | | 42 (15) 9 (1) | | | 99 (12) 8 (1) | 6 (12) 3 (1) | | 72 (9) 11 (1) | | 8 (6) 1 (1) | |
| 17 (313) | | 186 (15) 17 (1) | | | | | | | 26 (11) 4 (1) | | | | | | | | | | | |
| 18 (217) | | | | | | 146 (9) 14 (1) | | | | | | | | | | | | | | |
| 23 (212) | | | | | | | | | 130 (8) 17 (0) | | | | | | | | | | | |
| 8 (561) | 4 (12) 1 (0) | | | | | | 102 (20) 13 (2) | 21 (21) 2 (2) | 142 (21) 5 (2) | | | 2 (15) 1 (2) | | 99 (15) 8 (1) | | | | | | |
| 24 (185) | | | | | | | | | | | 114 (6) 14 (0) | | | | | | | | | |
| 12 (369) | | | | | | | | | | | 47 (12) 12 (1) | 99 (10) 13 (1) | 17 (7) 2 (1) | | | | | | | 55 (7) 7 (0) |
| 2 (1432) | 27 (32) 3 (2) | 38 (70) 5 (7) | | | 3 (39) 1 (6) | 28 (61) 5 (7) | 42 (52) 4 (5) | 50 (55) 3 (5) | 64 (54) 7 (5) | 28 (30) 4 (5) | 119 (47) 17 (6) | 88 (40) 9 (5) | 130 (28) 19 (4) | 21 (38) 4 (4) | | | 2 (30) 1 (4) | 125 (27) 14 (2) | 106 (21) 13 (3) | 21 (28) 4 (3) |
| 13 (352) | | | | | | 104 (15) 12 (1) | | | | 5 (7) 1 (1) | | | 32 (6) 5 (1) | | | | | | 77 (5) 13 (0) | |
| 14 (518) | | 35 (25) 7 (2) | | | | 34 (22) 5 (2) | 3 (19) 1 (1) | 66 (19) 5 (2) | | 67 (10) 12 (1) | | 12 (14) 2 (2) | 4 (10) 1 (1) | | | 44 (12) 6 (1) | 56 (10) 9 (1) | | 12 (7) 1 (1) | 4 (10) 1 (1) |
| 27 (116) | | | | | | 59 (5) 12 (0) | | | | | | | | | | | | | | 2 (2) 1 (0) |
| 28 (181) | | | | | 43 (4) 6 (0) | | | | | 22 (3) 5 (0) | | | | | 39 (4) 9 (0) | | | | | |
| 26 (185) | | | | | | | 43 (6) 3 (0) | | | 33 (3) 6 (0) | | | | 39 (5) 2 (0) | | | | | | |
| W (45) | | | | | | | | | | | | | 19 (0) 3 (0) | | | | | | 6 (0) 1 (0) | |
| 32 (60) | | | | | | | 20 (2) 4 (0) | | | 6 (1) 1 (0) | | | | 4 (1) 1 (0) | | | | | | |
| 22 (49) | | 6 (2) 1 (0) | | | | | | | | | | 9 (1) 1 (0) | | | | | | | | 14 (0) 1 (0) |
| E26C13 (14) | | | | | | | | | | | | | | 12 (0) 2 (0) | | | | | | |
| 16 (22) | | | | | | | | | | 3 (0) 1 (0) | | | | | | | | | | |
| Un (2870) | 4 (66) 2 (4) | 22 (141) 9 (15) | 15 (37) 6 (5) | | 52 (78) 11 (12) | 25 (123) 8 (15) | 10 (106) 3 (11) | 7 (110) 3 (11) | 20 (108) 6 (11) | 13 (60) 5 (10) | 3 (94) 1 (12) | 17 (80) 5 (11) | 11 (56) 4 (9) | 33 (77) 9 (8) | 12 (78) 3 (7) | 32 (69) 8 (8) | 7 (60) 3 (8) | 24 (55) 8 (5) | 29 (43) 7 (6) | |
| E22C19W28 (5) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| E50C23 (2) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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